โปรแกรม AnyDesk สามารถกำหนดสิทธิ์ให้เฉพาะเจ้าหน้าที่ IT Support (เครื่องต้นทาง) หรือผู้ดูแลระบบ สามารถรีโมทเข้าควบคุม PC / Server หรืออุปกรณ์ปลายทางใดๆ ได้ ตามต้องการ
โดยผู้ใช้งาน โปรแกรม AnyDesk รายอื่นๆ ที่ไม่ได้มีชื่ออยู่ในรายการอนุญาต จะไม่สามารถรีโมทเข้าควบคุมอุปกรณ์ที่มีการจำกัดสิทธิ์เอาไว้ได้ โดยการกำหนดรายชื่อที่อนุญาตให้สามารถเชื่อมต่อ ต้องทำผ่าน Access Control List (ป้อน Alias หรือ AnyDesk Address ของผู้ใช้งานที่อนุญาตให้รีโมทเข้ามา)
นอกจากนี้แล้ว การกำหนดรายการควบคุมการเข้าถึง (Access Control List - ACL) สำหรับแต่ละอุปกรณ์ สามารถทำได้โดยตรงจากโปรแกรม AnyDesk ที่ติดตั้งอยู่ในอุปกรณ์ หรือจัดการโดยผู้ดูแลระบบที่สามารถสร้าง Custom Build (พร้อมกำหนด Access Control List) จากคอนโซลกลาง แล้วนำไปติดตั้งลงในอุปกรณ์